Nach der Stiftung der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität durch König Friedrich Wilhelm III. von Preußen im Jahre 1818 trafen sich Studenten aus Westfalen im Sommersemester 1819 in der Gaststätte bei Ermekeil in Bonn am Markt. Hier begann das Bonner Corpsleben, da westfälische Landsmannschafter die Grundsätze des Westphalenkartells von anderen Universitäten nach Bonn brachten und dadurch ein Gegengewicht zu der burschenschaftlichen Richtung schufen. Das Westphalenkartell wurde geschlossen von Corps an verschiedenen Universitäten, die den Namen Guestphalia führten und deren Mitglieder aus Westfalen stammten. Diese Corps hatten in den Grundzügen übereinstimmende Konstitutionen, die gleichen Wahlsprüche und trugen die Farben grün-weiß-schwarz. Aus dieser landsmannschaftlichen Gesellschaft bei Ermekeil entstand das Corps Guestphalia.

Am 15. März 1820 wird das Corps Guestphalia Bonn erstmals genannt. Der Stifter des Corps war Ludwig von Hausen.

Am 18. Mai 1820 trat das Corps Guestphalia Bonn an die Öffentlichkeit.Guestphalia war in einer Allgemeinen Studentenversammlung als selbstständiges Corps anerkannt worden.

Dies war nach dem im Sommer 1819 erlassenen „Burschenbrauch der Bonner Burschengesamtheit“ bis zu diesem Tag nicht möglich, da keine engere Verbindung in irgendeiner Form bestehen durfte, die sich gegen den Willen der burschenschaftlichen Allgemeinheit konstituierte.

Der 18. Mai 1820 gilt heute als der Stiftungstag des Corps Guestphalia Bonn.

Nach dem Mord an August von Kotzebue am 23. März 1819 erfolgte am 20. September 1819 die Bestätigung der Karlsbader Beschlüsse durch den Bundestag in Frankfurt, was die Demagogenverfolgung zur Folge hatte. Aufgehoben wurden die Beschlüsse erst mit der Märzrevolution 1848. Das Corps Guestphalia Bonn hatte unter der Demagogenverfolgung zu leiden. Diese schwierige Zeit war mit ein Grund für ein großes politisches Engagement. Viele Bonner Guestphalen waren Mitglieder der freigewählten Nationalversammlung in der Frankfurter Paulskirche 1848, und dies in unterschiedlichen Fraktionen.

Um das Corpsleben in Bonn zu stärken, gründete 1849 der Bonner Westphale Wilhelm Sack mit weiteren ehemaligen Mitgliedern des Corps Palatia das Corps Hansea Bonn. Wilhelm Sack war im Sommer 1848 als Vertreter des Corps Guestphalia Bonn zu einer Tagung nach Jena entsandt worden, wo er an der Gründung des Kösener Verbandes Kösener Senioren-Convents-Verband  beteiligt war. Der SC zu Bonn trat durch Beschluss vom 6. August 1849 dem Kösener Senioren-Convents-Verband (KSCV) bei.

Der Deutsch-französische Krieg 1870/71 und seine Folgen waren mitursächlich für die Suspension des Corps Guestphalia Bonn. Nach Beendigung des Feldzuges kehrte von den früheren Aktiven nur eine verhältnismäßig geringe Anzahl zum Studium nach Bonn zurück. Bereits seit Ende der 1860er Jahre entstand zudem ein reges Vereinswesen, was ein Wiederaufblühen der Corps erschwerte. An der Universität selbst gründeten sich studentische Fachvereinigungen der jeweiligen Fakultäten, denen sich die Studenten verstärkt zuwandten.

Der Kulturkampf förderte an der Universität konfessionelle Zusammenschlüsse, was die Rekrutierung neuer Corpsmitglieder aus Westfalen und dem Rheinland mit seinen starkem katholischen Bevölkerungsanteilen schwieriger gestaltete jedoch erlebten die Corps in der Kaiserzeit, gerade die Bonner Corps einen großen gesellschaftlichen Aufstieg. Das Corpsstudententum prägte sich für das Bildungsbürgertum zum Ideal aus.

Der Erste Weltkrieg setzte dem aktiven Corpsleben ein jähes Ende. Der Corpsbetrieb ruhte vom Wintersemester 1914 bis zum Ende des Krieges. Bereits Ende 1918 meldeten sich die ersten Corpsbrüder nach Entlassung aus dem Heeresdienst wieder aktiv bei Guestphalia. Der Corpsbetrieb wurde unter großen Schwierigkeiten Anfang März 1919 wieder aufgenommen. Das Corpshaus war als englische Offiziersmesse requiriert worden und daher der Benutzung der Aktiven entzogen. Mitte Oktober 1919 gab die Besatzung das Corpshaus frei, so dass dort wieder alle Veranstaltungen stattfinden konnten.

Die Machtübernahme der Nationalsozialisten im Jahre 1933 machte auch vor den Corps nicht halt. Die Politik der NSDAP führte zur „Gleichschaltung“, sprich zum Auflösen aller gesellschaftlichen Gruppen, die sie nicht ausreichend kontrollieren konnte. Die Einführung des „Führerprinzips“ widersprach dem Corpsprinzip der demokratischen Entscheidungsfindung. Guestphalia übernahm das Führerprinzip in der Hoffnung, dadurch seine Existenz nicht zu gefährden. Der gleichgeschaltete und uniformierte Volksgenosse entsprach nicht den Vorstellungen vieler Corpsbrüder. Das Gesetz zur Wiederherstellung des Berufsbeamtentums forderte von allen studentischen Vereinigungen den Ausschluss von „nicht-arischen“ Mitgliedern sowie solchen, die mit jüdischen oder jüdisch abstammenden Frauen verheiratet waren. Betroffene Corpsbrüder kamen dem durch Austritt zuvor, was vom Corps in der Hoffnung angenommen wurde, einer zwangsweisen Schließung zu entgehen, was jedoch dem Corpsprinzip diametral entgegenstand. . Guestphalia suspendierte am 15. Mai 1936. Einige Alte Herren der Guestphalia, Hansea und Palatia hatten im Dezember 1938 versucht, in der sogenannten Kameradschaft „Ernst vom Rath“ ein Corpsleben aufrechtzuerhalten. Dies gelang nicht, da die Kameradschaft „Ernst vom Rath“, wie alle an den Universitäten gegründeten Kameradschaften, eine Einrichtung des Nationalsozialistischen Deutschen Studentenbundes war. Die Mehrzahl der Alten Herren versagten ihr die Unterstützung. Anfang 1940 löste sie sich auf.

Durch die Katastrophe des Zweiten Weltkrieges erschüttert, aber nicht entmutigt, begannen die Alten Herren bereits im Herbst 1945 mit der Überlegung, den Corpsbetrieb wieder zu eröffnen. Da durch die britische Militärverwaltung jegliches Corpsleben verboten war, traf man sich unter dem Namen „die Baumschüler“, eingedenk des Corpslebens in der Baumschulallee vor dem Krieg. Am 5. November 1947 wurde der Aktivenbetrieb in angemieteten Räumlichkeiten wieder aufgenommen. Im Januar 1950 gehörte Guestphalia zu den 22 Corps, die sich in der Interessengemeinschaft zusammenschlossen und die Wiederbegründung des KSCV vorbereiteten. Unter ihrem Vorsitz erfolgte sie am 19. Mai 1951 auf der Godesburg.

Da das Corps Guestfalia Greifswald wegen der politischen Umstände auf dem Gebiet der damaligen DDR keine Möglichkeit zur Wiedererrichtung in der alten Heimat Greifswald hatte, wurden auf der Grundlage des seit dem 27. Mai 1861 bestehenden Kartells 63 Alte Herren der Guestfalia Greifswald am 27. Januar 1951 in das Corps Guestphalia Bonn aufgenommen. Ferner verpflichtete sich das Corps, bei der Möglichkeit einer Rekonstitution in Greifswald diese tatkräftig voranzutreiben. Die Tradition des Kartellcorps Guestfalia Greifswald wurde fortgeführt und auch durch die Aufnahme des Namenszusatzes „und Greifswald“ dokumentiert. Das Corps Guestphalia Bonn hieß zu dieser Zeit Corps Guestphalia Bonn und Greifswald zu Bonn.

Im Jahre 1954 konnte das neue Corpshaus in der Wilhelmstraße 50 bezogen werden, wo der Aktivenbetrieb bis heute ununterbrochen fortgesetzt wird.

Bei der Rekonstitution der Guestfalia Greifswald am 10. Juni 1993 ist das Corps Guestphalia Bonn und Greifswald zu Bonn seiner Verpflichtung vom 27. Januar 1951 nachgekommen. Seither führen beide Corps auch wieder ihren alten Namen Guestphalia Bonn und Guestfalia Greifswald und sind in Freundschaft und durch viele gemeinsame Alte Herren verbunden.